Corrompe-lo não, mas é possível ter sobreescrito de algum jeito.
E sim, Wind Waker é um jogo capado aos 30FPS.
O framerate cair um pouco em alguns lugares é relativamente normal, tente diminuir um pouco as configs gráficas se lhe incomodar muito, ou tente forçar áudio HLE no jogo (por padrão costumava ser LLE para evitar glitches, mas é um hit considerável na performance dependendo da sua CPU).
Estão começando a implementar alguns patches para transformar alguns jogos suportados pelo Dolphin em 60FPS, mas acredito que ainda não fizeram nada para o Wind Waker.
Pessoalmente gostaria que fizessem algo por Ocarina of Time e Majora's Mask (dá para jogar ambos pelo Dolphin, com bem menos bugs do que os emuladores de n64 e as caralhadas de plugins), eu simplesmente não consigo mais joga-los em 20FPS.
Mas esse bonitão deve ficar lindo aos 60FPS.